A teď k těm molekulám
U molekul chemikové museli vyřešit stejný problém jako u atomů - jejich hmotnosti jsou tak malé, že se s nimi špatně pracuje. Nejprve využili stejného triku - násobení konstantou - a vymysleli relativní molekulovou hmotnost M_{\mathrm{r}}:
Tady ale narazili na další komplikaci: různých molekul existují miliardy, tabulka všech jejich hmotností by byla dost drahá a neskladná. Na pomoc si tentokrát vzali zákon zachování hmotnosti: protože je molekula složená z atomů, bude hmotnost molekuly pouze součet hmotností atomů a stejně to bude s hmotnostmi relativními. Například:
M_{\mathrm{r}}\left(\mathrm{CO}_{2}\right)=A_{\mathrm{r}}(\mathrm{C})+2 \cdot A_{\mathrm{r}}(\mathrm{O})=12,010+2 \cdot 15,999=44,008
Hmotnost molekuly oxidu uhličitého bude rovna 44,008násobku m_{\mathrm{u}}.